A Hyundai atualizou a segunda geração do Atos em 2003, após quatro anos desde a introdução do modelo.
Enquanto a primeira geração e a versão sem facelift da segunda geração mostraram um estilo de design MPV, a montadora decidiu fazer o carro parecer mais um hatchback alto do que uma minivan de segmento pequeno.

O modelo de 2003 veio com faróis retangulares mais largos e piscas montados nos cantos. Assim, ele se livrou dos faróis estranhos do modelo de 1999 e introduziu uma grade redesenhada que ostentava uma forma trapezoidal invertida cruzada por três lâminas cromadas. Mas a montadora coreana não conseguiu se livrar da alta estufa, então permaneceu a mesma. A traseira mostrou um design diferente para as lanternas traseiras, com uma lente transparente em forma de borboleta sobre a área da luz de ré.

No interior, o painel apresentava uma área de armazenamento aberta na frente do lado do passageiro. Ao mesmo tempo, o motorista recebeu um painel de instrumentos de três mostradores com o velocímetro flanqueado nas laterais por medidores incomumente grandes para a temperatura do líquido de arrefecimento e nível de combustível. Dependendo do nível de acabamento, o Atos oferecia um sistema de áudio no console central e uma unidade de ar condicionado. A Hyundai instalou os controles HVAC abaixo do estéreo. Na parte de trás, a Hyundai manteve o banco 50/50 dobrável e tombado.

Desde que foi projetado como um veículo de passageiros, a Hyundai instalou um novo motor a gasolina de 1,1 litro emparelhado de série com uma caixa manual de cinco velocidades, enquanto uma automática de quatro velocidades estava disponível como opção.