Chevrolet выпустил Malibu 6-го поколения в 2003 году, разработав новую модель на совершенно новой платформе Epsilon (заменившей платформу N и послужившей базой для таких автомобилей, как Opel Astra или Cadillac BLS).
Malibu был доступен с двумя вариантами кузова: 4-дверный Malibu и 5-дверный хэтчбек Malibu Maxx. Новый Malibu отличался переработанной передней решеткой (которая претерпела дальнейшие модификации в 2006 году) и был оснащен стандартным 2,2-литровым двигателем Ecotec L61 I4 мощностью 145 л.с. Несмотря на то, что производство было прекращено в 2007 году, GM выпускала седан Malibu еще один год под названием Malibu Classic.