Der Lincoln Zephyr wurde 2006 auf der Chicago Auto Show vorgestellt und war ein mittelgroßes Fahrzeug, das auf der gleichen Plattform wie der Mazda6/Atenza oder der Ford Edge basierte.
Von Anfang an war nur ein 3,0-Liter-V6-Motor mit 221 PS und 278 Nm (205 lb-ft) Drehmoment verfügbar. Ein Jahr später schloss sich ein 3,5-Liter-V6 der Motorenpalette an. Er war serienmäßig mit einem 6-Gang-Automatikgetriebe von Aisin ausgestattet. Ebenfalls 2007 wurde der Zephyr-Name bis 2012 in MKZ geändert. 2011 erhielt er einen Hybridantriebsstrang mit einem Reihenvierzylinder mit einem 2,5-Liter-Benzinmotor und einem Elektromotor. Die Gesamtleistung der Hybridversion betrug 191 PS.

Der Innenraum war typisch für einen Lincoln, mit echtem Ebenholz und Ahornholz, das in Metallrahmen eingebaut war. Ledersitze waren in allen Ausstattungsvarianten Standard. Elektrisch verstellbare Sitze, ein Audiosystem mit sechs Lautsprechern und eine doppelte Klimaregelung sowie eine große Liste von Funktionen wurden serienmäßig installiert.

Im Inneren des 4,8 Meter (15,7 Fuß) langen Fahrzeugs war die Beinfreiheit auf den Rücksitzen aufgrund des Radstands von 2,7 m (8,8 Fuß) anständig. Der Zephyr / MKZ sollte die frühere mittelgroße Lincoln LS-Reihe ersetzen, jedoch mit sparsameren Motoren und Frontantrieb. 2010 wurde ein Facelift eingeführt und 2013 eine neue Generation auf den Markt gebracht.