Apresentado em 2006 no Chicago Auto Show, o Lincoln Zephyr era um veículo de tamanho médio baseado na mesma plataforma do Mazda6/Atenza ou do Ford Edge.
Ele tinha apenas um motor V6 de 3,0 litros disponível desde o início, oferecendo 221 cv e 278 Nm (205 lb-ft) de torque. Um ano depois, um V6 de 3,5 litros juntou-se à gama de motores. Foi equipado de série com uma caixa automática Aisin de 6 velocidades. Também em 2007, o nome Zephyr foi alterado para MKZ até 2012. Em 2011, recebeu um trem de força híbrido com quatro cilindros em linha com motor a gasolina de 2,5 litros e motor elétrico. A potência total para a versão híbrida foi de 191 cv.

O interior era típico de um Lincoln, com ébano real e madeira de bordo instaladas em molduras metálicas. Bancos de couro eram padrão em todos os níveis de acabamento. Assentos eletricamente ajustáveis, um sistema de áudio de seis alto-falantes e controle climático duplo, juntamente com uma grande lista de recursos, foram instalados como padrão.

Dentro do veículo de 4,8 metros (15,7 pés) de comprimento, o espaço para as pernas do banco traseiro era decente devido à distância entre eixos de 2,7 m (8,8 pés). O Zephyr/MKZ foi concebido para substituir a antiga gama Lincoln LS de tamanho médio, mas com motores mais eficientes em termos de combustível e tração dianteira. Um facelift foi introduzido em 2010 e uma nova geração foi lançada em 2013.