Представленный в 2006 году на автосалоне в Чикаго, Lincoln Zephyr представлял собой автомобиль среднего размера, основанный на той же платформе, что и Mazda6/Atenza или Ford Edge.
С самого начала у него был доступен только 3,0-литровый двигатель V6 мощностью 221 л.с. и крутящим моментом 278 Нм (205 фунт-фут). Через год к моторной гамме присоединился 3,5-литровый V6. В стандартной комплектации он оснащался 6-ступенчатой автоматической коробкой передач Aisin. Также в 2007 году название Zephyr было изменено на MKZ до 2012 года. В 2011 году он получил гибридную трансмиссию с рядным четырехцилиндровым двигателем с бензиновым двигателем рабочим объемом 2,5 литра и электродвигателем. Суммарная отдача для гибридной версии составила 191 л.с.

Интерьер был типичным для Lincoln, с настоящим черным деревом и кленовым деревом в металлических рамах. Кожаные сиденья были стандартными для всех уровней отделки салона. Электрически регулируемые сиденья, аудиосистема с шестью динамиками и двойной климат-контроль наряду с большим списком функций устанавливались в стандартной комплектации.

Внутри автомобиля длиной 4,8 метра (15,7 фута) места для ног на заднем сиденье было прилично из-за колесной базы 2,7 м (8,8 фута). Zephyr / MKZ был предназначен для замены бывшей линейки Lincoln среднего размера LS, но с более экономичными двигателями и передним приводом. В 2010 году был проведен фейслифтинг, а в 2013 году было запущено новое поколение.