Presentado en 2006 en el Auto Show de Chicago, el Lincoln Zephyr era un vehículo de tamaño mediano basado en la misma plataforma que el Mazda6/Atenza o el Ford Edge.
Solo tenía un motor V6 de 3.0 litros disponible desde el principio, que ofrecía 221 hp y 278 Nm (205 lb-ft) de torque. Un año más tarde, un V6 de 3.5 litros se unió a la gama de motores. Iba equipado de serie con una caja de cambios automática Aisin de 6 velocidades. También en 2007, el nombre de Zephyr se cambió a MKZ hasta 2012. En 2011 recibió un tren motriz híbrido con un cuatro cilindros en línea con un motor de gasolina de 2.5 litros de cilindrada y un motor eléctrico. La potencia total de la versión híbrida fue de 191 hp.

El interior era típico de un Lincoln, con ébano real y madera de arce instalada en marcos metálicos. Los asientos de cuero eran estándar en todos los niveles de equipamiento. Los asientos ajustables eléctricamente, un sistema de audio de seis bocinas y control de clima dual junto con una gran lista de características se instalaron de serie.

Dentro del vehículo de 4,8 metros (15,7 pies) de largo, el espacio para las piernas en el asiento trasero era decente debido a la distancia entre ejes de 2,7 m (8,8 pies). El Zephyr/MKZ estaba destinado a reemplazar la antigua gama Lincoln LS de tamaño mediano, pero con motores más eficientes en combustible y tracción delantera. Se introdujo un lavado de cara en 2010 y se lanzó una nueva generación en 2013.