Ähnlich wie die zweite Generation des Autos kam die dritte mit einem völlig neuen MR2, einem Toyota-Fahrzeug, das auch MR-S und MR2 Spyder genannt wurde.
Obwohl er dem Porsche Boxster von 1996 ähnlich sieht, basiert der neue MR2 auf einem Konzept, das das japanische Unternehmen 1997 auf der Tokyo Motorshow vorgestellt hat. Erhältlich in zwei Karosserievarianten, einem zweitürigen Cabrio und einem zweitürigen Coupé, kommt der neue MR2 mit einem neuen Motor, nämlich einem 1,6-Liter-l4, der 140 PS entwickelt. Darüber hinaus hat Toyota zwei neue Getriebeversionen herausgebracht, ein 5-Gang- und ein 6-Gang-Schaltgetriebe.