Semelhante à segunda geração do carro, a terceira veio com um MR2 completamente novo, um veículo da Toyota que também foi chamado de MR-S e MR2 Spyder.
Embora pareça semelhante ao Porsche Boxster de 1996, o novo MR2 é baseado em um conceito revelado pela empresa japonesa na edição de 1997 do Tokyo Motorshow. Disponível em dois estilos de carroceria, um conversível de 2 portas e um cupê de 2 portas, o novo MR2 vem com um novo motor, ou seja, um 1,6 litro l4 que desenvolve 140 cavalos de potência. Além disso, a Toyota lançou duas novas versões de transmissão, uma caixa manual de 5 velocidades e uma caixa manual de 6 velocidades.