Al igual que la segunda generación del automóvil, la tercera vino con un MR2 completamente nuevo, un vehículo Toyota que también se llamó MR-S y MR2 Spyder.
Aunque se parece al Porsche Boxster de 1996, el nuevo MR2 se basa en un concepto presentado por la empresa japonesa en la edición de 1997 del Salón del Automóvil de Tokio. Disponible en dos estilos de carrocería, un convertible de 2 puertas y un cupé de 2 puertas, el nuevo MR2 viene con un nuevo motor, a saber, un l4 de 1.6 litros que desarrolla 140 caballos de fuerza. Además, Toyota lanzó dos nuevas versiones de transmisión, una caja de cambios manual de 5 y 6 velocidades.