Arabanın ikinci nesline benzer şekilde, üçüncüsü de tamamen yeni bir MR2 ile geldi, bir Toyota aracı, aynı zamanda MR-S ve MR2 Spyder olarak da adlandırıldı.
1996 Porsche Boxster’a benzemesine rağmen, yeni MR2, Japon şirketi tarafından 1997 Tokyo Motorshow baskısında açıklanan bir konsepte dayanıyor. 2 kapılı cabrio ve 2 kapılı coupe olmak üzere iki gövde tipinde mevcut olan yeni MR2, 140 beygir gücü geliştiren 1.6 litrelik l4 adlı yeni bir motorla geliyor. Ayrıca Toyota, 5 vitesli ve 6 vitesli manuel şanzıman olmak üzere iki yeni şanzıman versiyonu piyasaya sürdü.