Подобно второму поколению автомобиля, третье было оснащено совершенно новым MR2, автомобилем Toyota, который также назывался MR-S и MR2 Spyder.
Хотя он похож на Porsche Boxster 1996 года, новый MR2 основан на концепции, представленной японской компанией на Токийском автосалоне 1997 года. Доступный в двух вариантах кузова, 2-дверный кабриолет и 2-дверное купе, новый MR2 оснащен новым двигателем, а именно 1,6-литровым двигателем L4 мощностью 140 лошадиных сил. Кроме того, Toyota выпустила две новые версии трансмиссии — 5-ступенчатую и 6-ступенчатую механическую коробку передач.