Der Fabia Sedan wurde entwickelt, um gegen die von Renault eingeführten neuen Limousinen des kleinen Segments anzutreten, und erwies sich als gute Wahl für bestimmte Märkte, aber nicht als langfristige Lösung.
Nachdem Volkswagen den tschechischen Autohersteller Skoda gekauft hatte, half es ihm durch einen schwierigen Aufrüstungsprozess. Bald nahm das osteuropäische Unternehmen Fahrt auf und eroberte weitere Marktanteile im Budget-Nischenmarkt. Der Octavia war der erste wichtige Schritt, gefolgt vom Kleinsegment-Fließheck Fabia im Jahr 1999. Im Jahr 2001 stellte Skoda die Drei-Kasten-Limousine vor.

Es war bereits bekannt, dass die Kunden aus den ehemaligen kommunistischen Ländern mehr an Limousinen hängen als an Schrägheck- oder Kombiwagen. Renault war mit dem Modell Clio Symbol (oder Thalia) sehr erfolgreich, und Daewoo erzielte auch mit der Cielo-Limousine große Verkaufszahlen. Skoda verwendete die gleiche Plattform wie der Polo oder Seat Ibiza, fügte hinten einen Kofferraum hinzu, und das Auto war fertig. Seine Frontverkleidung war identisch mit der der Fließheckversion, während er hinten ähnlich geformte Rücklichter aufwies.

Im Inneren war es aufgrund des kleinen Radstands schwierig, jemanden in den Fond zu setzen, wenn er größer als ein Kind war. Es war ein erschwingliches Auto, kein billiges. Das Armaturenbrett und alle Frontseiten wurden vom Fünftürer übernommen, während hinten der Kofferraum mit bis zu 439 Litern (15,5 cu-ft) bereits im Bereich des Kompaktsegments Platz fand.

Skoda bot der Fabia Limousine eine große Auswahl an Motoren an, die zwischen 64 PS und einem 115 PS starken 2,0-Liter-Motor reichten.