Koenigsegg представила Agera S в 2013 году для определенных рынков, где конкретный бензин E85 был недоступен.
В то время как обычные автомобили могли не чувствовать разницы между топливом E85 и обычным неэтилированным бензином, высокопроизводительные спортивные автомобили были чувствительны к этому. Кенигсегг знал, что даже в не очень богатых странах есть потенциальные клиенты. Для них шведский автопроизводитель построил Agera S. Автопроизводитель выпустил всего пять экземпляров.

Его внешний вид был почти идентичен Agera R. Его активные аэродинамические системы позволяли ему обеспечивать прижимную силу 300 кг (661 фунт) на скорости 300 км/ч (186 миль/ч). Это был гиперкар, созданный для участия в гонках большинства других суперкаров в мире. В отличие от Agera R, версия S была оснащена новыми колесами Aircore из углеродного волокна Hollow Space, которые уменьшали подвешенные массы даже больше, чем его агрессивный гоночный брат Agera R.

Как и модель R, у S была съемная крыша, которую водитель мог хранить под крышкой переднего капота. Внутри кабины автопроизводитель установил комбинацию из углеродного волокна и алькантары, что привело к роскошному, но спортивному интерьеру.

Под капотом Koenigsegg установили тот же 5,0-литровый двигатель V-8 с двумя турбонагнетателями. Он предлагал более 1030 л.с. и работал на обычном бензине с октановым числом 98. Его родной брат R и остальные его собратья могли раскрыть свой истинный потенциал только на бензине E85. Но не S. S обеспечивал все обычным топливом.