Koenigsegg, 2013 yılında belirli E85 benzininin bulunmadığı belirli pazarlar için Agera S’yi tanıttı.
Normal araçlar E85 yakıtı ile normal kurşunsuz benzin arasında bir fark hissetmeyebilirken, yüksek performanslı spor arabalar bu konuda hassastı. Koenigsegg, özellikle zengin olmayan ülkelerde bile potansiyel müşteriler olduğunu biliyordu. Onlar için İsveçli otomobil üreticisi Agera S’yi üretti. Otomobil üreticisi bunlardan sadece beş tanesini üretti.

Dış tasarımı Agera R ile neredeyse aynı görünüyordu. Aktif aerodinamik sistemleri, 300 km/s’de (186 mph) 300 kg (661 lbs) yere basma kuvveti sağlamasına izin verdi. Dünyadaki diğer süper arabaların çoğuyla yarışmak için yapılmış bir hiper arabaydı. Agera R’den farklı olarak, S versiyonunda yeni Hollow Space Carbon Fiber Aircore tekerlekleri kullanıldı ve asılı kütleleri zorlu yarışçı Agera R kardeşinden bile daha fazla azalttı.

R modeli gibi, S de sürücünün ön kaput kapağının altında saklayabileceği çıkarılabilir bir tavana sahipti. Kokpitin içine, otomobil üreticisi bir karbon fiber ve Alcantara kombinasyonu yerleştirdi ve bu da lüks ama sportif bir iç mekana yol açtı.

Kaputun altına, Koenigsegg, iki turboşarj tarafından desteklenen aynı 5.0 litrelik V-8 motorunu taktı. 1030 hp’nin üzerinde güç sundu ve normal, 98 RON benzinle çalıştı. Kardeşi R ve diğer kardeşleri, gerçek potansiyellerini ancak E85 benzinle açığa çıkarabilirdi. Ama S değil. S, her şeyi normal yakıtla sağladı.