Koenigsegg introdujo el Agera S en 2013 para mercados específicos donde la gasolina E85 en particular no estaba disponible.
Si bien los vehículos normales pueden no sentir la diferencia entre un combustible E85 y la gasolina normal sin plomo, los autos deportivos de alto rendimiento eran sensibles al respecto. Koenigsegg sabía que, incluso en países no específicamente ricos, había clientes potenciales. Para ellos, el fabricante de automóviles sueco construyó el Agera S. El fabricante de automóviles produjo solo cinco de ellos.
Su diseño exterior se veía casi idéntico al del Agera R. Sus sistemas aerodinámicos activos le permitían proporcionar 300 kg (661 lbs) de carga aerodinámica a 300 kph (186 mph). Era un hipercoche construido para competir con la mayoría de los superdeportivos del mundo. A diferencia del Agera R, la versión S lucía las nuevas ruedas Hollow Space Carbon Fibre Aircore, lo que reduce las masas suspendidas incluso más que su feroz hermano de carreras Agera R.
Al igual que el modelo R, el S presentaba un techo removible, que el conductor podía guardar debajo de la tapa del capó delantero. Dentro de la cabina, el fabricante de automóviles instaló una combinación de fibra de carbono y Alcantara, lo que dio lugar a un interior lujoso pero deportivo.
Debajo del capó, Koenigsegg instaló el mismo motor V-8 de 5.0 litros con la ayuda de dos turbocompresores. Ofrecía más de 1030 hp y funcionaba con gasolina normal de 98 RON. Su hermano, el R, y el resto de sus hermanos podrían desatar su verdadero potencial solo con gasolina E85. Pero no el S. El S proveía todo con combustible regular.
