A Koenigsegg introduziu o Agera S em 2013 para mercados específicos onde a gasolina E85 específica não estava disponível.
Enquanto os veículos comuns podem não sentir a diferença entre um combustível E85 e a gasolina comum sem chumbo, os carros esportivos de alto desempenho eram sensíveis a isso. Koenigsegg sabia que, mesmo em países não especificamente ricos, havia clientes em potencial. Para eles, a montadora sueca construiu o Agera S. A montadora produziu apenas cinco deles.
Seu design exterior parecia quase idêntico ao Agera R. Seus sistemas aerodinâmicos ativos permitiam que ele fornecesse 300 kg (661 lbs) de downforce a 300 km/h (186 mph). Era um hipercarro construído para competir com a maioria dos outros supercarros do mundo. Ao contrário do Agera R, a versão S ostentava as novas rodas Hollow Space Carbon Fiber Aircore, reduzindo as massas suspensas ainda mais do que seu irmão Agera R de corrida feroz.
Como o modelo R, o S apresentava um teto removível, que o motorista poderia guardar sob a tampa do capô dianteiro. Dentro do cockpit, a montadora instalou uma combinação de fibra de carbono e Alcantara, levando a um interior luxuoso e esportivo.
Sob o capô, a Koenigsegg instalou o mesmo motor V-8 de 5,0 litros auxiliado por dois turbocompressores. Oferecia mais de 1030 hp e funcionava com gasolina regular de 98 RON. Seu irmão, o R, e o resto de seus irmãos poderiam liberar seu verdadeiro potencial apenas com gasolina E85. Mas não o S. O S fornecia tudo com combustível normal.
