В 2006 году Seat провела фейслифтинг третьего поколения Ibiza, улучшив автомобиль во всех областях, а не только снаружи.
Трехдверная версия была спортивной, с несколькими специфическими двигателями. В базовой версии он был еще и самым доступным в семействе. Будучи его материнской компанией, Volkswagen не хотел слишком много вкладывать в Ibiza, поскольку четвертое поколение уже находилось в стадии разработки.

Что касается экстерьера, автопроизводитель улучшил переднюю панель. Кроме того, на него установили новый бампер с более агрессивным видом. Кроме того, центральная решетка А-образной формы была окружена парой вертикальных кластеров вместо горизонтальных, как у модели 2002-2006 годов. Сбоку, в зависимости от уровня отделки салона, автомобиль имел черные дверные зеркала и ручки, в то время как у топовой модели Cupra первые были серебристыми, а вторые окрашены в цвет кузова.

Внутри было не так уж много работы по бюджету, поэтому большинство деталей остались такими, какими они были. Было несколько новых вариантов цвета обивки, а на центральной консоли - проигрыватель компакт-дисков. SEAT также предоставил кнопки на рулевом колесе для аудиосистемы. Как и в его предшественнике, доступ к задним сиденьям был возможен через передние сиденья с наклоном вперед.

Под капотом Volkswagen разместил большинство двигателей, доступных для платформы малого класса, которую Ibiza разделяет с немецким VW Polo. Он имел не менее 13 двигателей, бензиновых и турбодизельных, мощностью от 64 до 180 л.с. Однако последний был доступен только в трехдверном кузове Ibiza Cupra.