Seat a introduit un lifting pour la troisième génération d’Ibiza en 2006, améliorant la voiture dans tous les domaines, pas seulement à l’extérieur.
La version trois portes était la version sportive, avec quelques moteurs spécifiques. Sur la version de base, c’était aussi la plus abordable de la famille. Étant sa maison mère, Volkswagen ne voulait pas trop investir dans l’Ibiza puisque la quatrième génération était déjà en cours de développement.

Pour l’extérieur, le constructeur a amélioré la face avant. De plus, il a installé un nouveau pare-chocs au look plus agressif. De plus, une calandre centrale en forme de A était flanquée d’une paire de grappes verticales au lieu des horizontales comme le modèle 2002-2006. De son côté, selon le niveau de finition, la voiture arborait des rétroviseurs et des poignées de porte noirs, tandis que la Cupra haut de gamme avait le premier en argent et le second de la couleur de la carrosserie.

À l’intérieur, il n’y avait pas grand-chose à faire avec un budget, donc la plupart des pièces sont restées telles quelles. Il y avait quelques nouvelles options pour la couleur de la sellerie et, sur la console centrale, un lecteur de CD. SEAT a également fourni des boutons sur le volant pour le système audio. Comme sur son prédécesseur, l’accès aux places arrière était possible via les sièges avant inclinables vers l’avant.

Sous le capot, Volkswagen a donné la plupart des moteurs disponibles pour la plate-forme de petite classe partagée par l’Ibiza avec la VW Polo allemande. Elle prévoyait pas moins de 13 moteurs, essence et turbodiesel, allant de 64 ch à 180 ch. Cependant, ce dernier n’était disponible que sur la carrosserie à trois portes de l’Ibiza Cupra.