A Seat introduziu um facelift para a terceira geração do Ibiza em 2006, melhorando o carro em todas as áreas, não apenas no exterior.
A versão de três portas era a esportiva, com alguns motores específicos. Na versão base, também era a mais acessível da família. Sendo sua empresa-mãe, a Volkswagen não queria investir muito no Ibiza, pois a quarta geração já estava em desenvolvimento.

Para o exterior, a montadora melhorou o painel frontal. Além disso, instalou um novo para-choque com visual mais agressivo. Além disso, uma grade central em forma de A foi ladeada por um par de clusters verticais em vez dos horizontais como o modelo 2002-2006. De seu lado, dependendo do nível de acabamento, o carro ostentava retrovisores e maçanetas pretas, enquanto o Cupra topo de linha tinha o primeiro em prata e o segundo na cor da carroceria.

No interior, não havia muito o que fazer dentro do orçamento, então a maioria das peças permaneceu como estava. Havia algumas novas opções de cores de estofamento e, na pilha central, um CD player. A SEAT também forneceu botões no volante para o sistema de áudio. Tal como no seu antecessor, o acesso aos bancos traseiros era possível através dos bancos dianteiros inclinados para a frente.

Sob o capô, a Volkswagen deu a maioria dos motores disponíveis para a plataforma de classe pequena compartilhada pelo Ibiza com o VW Polo alemão. Fornecia nada menos que 13 motores, gasolina e turbodiesel, variando entre 64 cv e 180 cv. No entanto, este último estava disponível apenas na carroçaria de três portas do Ibiza Cupra.