Toyota представила второе поколение 4Runner в конце 1989 года с закрытым кузовом и четырьмя дверями, решив основную проблему первого поколения, но при этом потеряла вариант с открытым верхом.
Увлечение внедорожниками и кроссоверами началось еще не в начале 90-х, когда Toyota представила второе поколение. Это были времена, когда внедорожнику приходилось преодолевать бездорожье, снег и глубокие грязевые тропы, не вспотев. Автопроизводитель по-прежнему делал его на том же шасси, что и пикап HiLux, но добавил некоторые функции комфорта, которые сделали 4Runner отличным повседневным водителем, если водитель не спешил.

С четырехдверным кузовом 4Runner за одну ночь стал семейным автомобилем. У него все тот же грубый вид с плоской передней панелью и коротким свесом. Автопроизводитель разработал передний бампер с хромированной верхней стороной и черной нижней стороной. Для тех, кто все еще ностальгировал по первому поколению, Toyota предложила и двухдверную версию с выдвижным окном для задних пассажиров. Дверь багажника открывалась сзади вниз, как у пикапа, при этом заднее стекло закатывалось внутрь.

Внутри Тойота постаралась сделать автомобильный салон с низкой посадкой, что было не очень хорошо на бездорожье, но здорово в любой другой ситуации. Приборная панель была простой, узкой и изогнутой. У него была широкая комбинация приборов, простирающаяся над центральной стойкой, где автопроизводитель разместил блок климат-контроля над магнитолой. Для задних пассажиров Тойота установила раздельно-складывающуюся скамейку.

Под капотом Toyota установили те же двигатели, что и у предшественника: рядную четверку и V-6. Основное отличие заключалось в трансмиссии, где автопроизводитель заменил старый передний неразрезной мост на независимую подвеску, что обеспечило более комфортную езду.