A Toyota introduziu a segunda geração do 4Runner no final de 1989 com uma carroceria fechada e quatro portas, corrigindo o principal problema da primeira geração, mas perdeu a opção de capota aberta no processo.
A mania por SUVs e crossovers ainda não começou no início dos anos 90, quando a Toyota apresentou a segunda geração. Aqueles eram os tempos em que um SUV tinha que lidar com trilhas offroad, neve e caminhos de lama profundos sem suar a camisa. A montadora ainda o fez no mesmo chassi da picape HiLux, mas acrescentou alguns recursos de conforto que tornaram o 4Runner um excelente motorista diário, desde que o motorista não estivesse com pressa.

Com sua carroceria de quatro portas, o 4Runner se tornou um carro familiar da noite para o dia. Ele ainda tinha a mesma aparência robusta com sua frente plana e saliência curta. A montadora projetou o para-choque dianteiro com parte superior cromada e parte inferior preta. Para aqueles que ainda estavam nostálgicos pela primeira geração, a Toyota ofereceu também uma versão de duas portas, com uma janela pop-out para os passageiros traseiros. A porta traseira foi aberta para baixo na parte de trás, como em uma picape, com a janela traseira aberta para dentro.

Por dentro, a Toyota tentou fazer um interior semelhante ao de um carro com uma posição de assento baixa, o que não era muito bom em offroad, mas ótimo em qualquer outra situação. O painel era simples, estreito e curvo. Ele ostentava um amplo painel de instrumentos estendido sobre a pilha central, onde a montadora colocou a unidade de controle climático acima do toca-fitas de rádio. Para os passageiros traseiros, a Toyota instalou um banco dobrável dividido.

Sob o capô, a Toyota instalou os mesmos motores de seu antecessor: quatro em linha e um V-6. A principal diferença foi para o drivetrain, onde a montadora trocou o eixo dianteiro sólido mais antigo com uma suspensão independente, o que proporcionou um passeio muito confortável.