Toyota, 1989 sonlarında 4Runner’ın ikinci neslini kapalı bir kaporta ve dört kapı ile tanıttı ve ilk neslin ana sorununu düzeltti, ancak süreçte üstü açık seçeneğini kaybetti.
SUV ve crossover çılgınlığı, Toyota’nın ikinci nesli tanıttığı 90’ların başında henüz başlamamıştı. Bir SUV’nin arazi patikaları, kar ve derin çamurlu patikalarla hiç terlemeden baş etmesi gerektiği zamanlardı. Otomobil üreticisi yine de HiLux pikap ile aynı şasi üzerinde yaptı, ancak 4Runner’ı sürücünün acelesi olmadığı sürece mükemmel bir günlük sürücü yapan bazı konfor özellikleri ekledi.

Dört kapılı gövdesiyle 4Runner, bir gecede bir aile arabası haline geldi. Düz ön fasyası ve kısa çıkıntısı ile hala aynı sağlam görünüme sahipti. Otomobil üreticisi, ön tamponu kromlu bir üst taraf ve siyah bir alt taraf ile tasarladı. İlk nesil için hala nostaljik olanlar için Toyota, arka yolcular için açılır pencereli iki kapılı bir versiyon da sundu. Bagaj kapağı, bir kamyonette olduğu gibi arkadan aşağıya doğru açıldı ve arka cam içeriye doğru yuvarlandı.

İçeride, Toyota, arazi sürüşü sırasında pek iyi olmayan, ancak başka herhangi bir durumda harika olan, düşük oturma pozisyonuna sahip otomobil benzeri bir iç mekan yapmaya çalıştı. Gösterge paneli basit, dar ve kavisliydi. Otomobil üreticisinin klima kontrol ünitesini radyo kaset çaların üzerine yerleştirdiği orta konsolun üzerine uzanan geniş bir gösterge grubuna sahipti. Arkadaki yolcular için Toyota, ikiye bölünebilen bir bank yerleştirdi.

Kaputun altına Toyota, selefiyle aynı motorları kurdu: sıralı dörtlü ve V-6. Ana fark, otomobil üreticisinin daha rahat bir sürüş sağlayan bağımsız bir süspansiyonla eski ön katı aksı takas ettiği aktarma organları içindi.