A finales de 1999, el Ibiza fue renovado en gran medida en términos de diseño y motores.
Algunos han considerado el modelo de 1999 como el Ibiza de tercera generación y con buenas razones.

Como parte de la familia VW, el nuevo Ibiza presentó un diseño interior completamente nuevo con acabados de calidad VW. El tablero completamente nuevo tenía un ángulo agradable para el conductor, mientras que todos los controles se sentían muy bien. Todo estaba muy bien colocado y la calidad general de los materiales utilizados era inusual para un supermini.

El nuevo Seat Ibiza presentó una nueva parrilla dividida y luces traseras renovadas, así como luces traseras originales revisadas. Los parachoques rediseñados ahora presentaban molduras negras para protegerlos de rayones. Todos estos cambios, junto con las aleaciones de 16 pulgadas, le dieron al auto un aspecto más agresivo que antes. Si el Ibiza de los 90 parecía una caja con ruedas, el modelo de 1999 tenía un diseño curvilíneo y elegante.

Si bien el Ibiza no era un automóvil rápido, tenía un poco de diversión y se sentía más rápido que en el papel.

Ofreciendo una buena relación calidad-precio, el Ibiza venía con aire acondicionado estándar, elevalunas eléctricos y cierre centralizado, además de una gran calidad de construcción.

Todas las opciones de motor se transfirieron de Volkswagen y los clientes podían elegir entre numerosas opciones, incluida una potente unidad diésel de 1.9 litros con 90 hp.

Incluso con 90 hp, el Ibiza apenas tenía materiales de escotilla caliente. Sin embargo, el bajo consumo de combustible fue difícil de superar.

El Ibiza era un automóvil económico, ya que era barato de comprar, barato de manejar, pero aún así se sentía sólido y tiraba muy bien.

Incluso en términos de espacio interior, el Ibiza ofrecía más que el Ford Fiesta o el Citroen Saxo.